九三学社重庆市委员会的前身是九三学社重庆分社。1946年10月27日，九三学社重庆地方组织——重庆分社在上清寺国民外交协会召开成立大会，公推理事、监事15人。1951年9月3日，恢复重建九三学社重庆分社理事会。1952年9月，九三学社第二次全国工作会议决定各分社理事会改为分社委员会。1953年2月，分社召开社员大会，选举产生九三学社重庆市第二届分社委员会，“重庆分社理事会”改称为“重庆分社委员会”。1984年5月，九三学社重庆分社召开社员代表大会，根据九三学社第四次全国社员代表大会修改的社章规定，经社中央批准，自本次代表大会起，“九三学社重庆分社委员会”改称“九三学社重庆市委员会”。1997年重庆直辖以来，九三学社重庆市委员会已历六届，现为第六届委员会。

第六届委员会有主委1人、副主委8人，常委23人，委员59人。常委会组成人员平均年龄51.5岁，其中，女性5人、占21.7%，主体界别17人、占73.9%，专家学者7人、占30.4%，在政府等行政机关任职16人、占69.6%，具有高级职称17人、占73.9%。委员平均年龄48.5岁，其中，女性16人、占27.1%，主体界别44人、占74.6%，专家学者26人、占44.1%，在政府、司法等行政机关任职28人、占47.5%，具有高级职称48人、占78.69%。

第六届委员会下辖社北碚、沙坪坝、九龙坡、万州、涪陵、南岸、渝中、黔江、渝北、永川、綦江、大渡口、长寿13个区委，社合川、江北、江津、巴南4个区工委。全市有各级组织190个，其中市级委员会1个，区级委员会13个，区级工作委员会4个，基层委员会8个，支社163个，小组1个。第六届委员会下设：科技、教育文化、医药卫生、经济、农林、资源环境、社会与法治7个专门委员会和海外联络、青年、妇女、老年、科创5个工作委员会，以及内部监督委员会、参政议政咨询委员会、思想建设与理论研究中心理事会、九三学社重庆书画院等4个机构。

截止2022年3月，全市共有社员5050人，平均年龄55.2岁；其中，正高级职称827人、占16.2%，副高级职称2405人、占47.6%，女社员2101人、占41.6%，45岁及以下青年社员1602人，占31.7%。社员中，有厅局级及以上领导干部38人，其中重庆市政协副主席1人，高校校长1人、副校长1人（同时兼区人大副主任），市政府部门副职领导1人，市政协专职常委1人，区人大副主任5人，区政府副区长2人，区政协副主席14人，国有企业副职领导2人。有全国人大代表1人，全国政协委员3人；社中央委员7人，其中常委1人；有重庆市人大代表17人，其中常委1人；有重庆市政协委员54人，其中副主席1人，常委8人；有市级特邀特约人员11人、市政府参事2人、市文史馆馆员7人、市青联委员9人。

社市委机关设有办公室、组织处、宣传处、社会服务处，参政议政处，机关现有专职副主委1人、秘书长兼处长1人、一级巡视员1人、二级巡视员1人、主任1人、处长1人（兼任一级调研员）、副处长2人、其他在编10人。