九三学社重庆市委员会的前身是九三学社重庆分社。1946年10月27日，九三学社重庆地方组织——重庆分社在上清寺国民外交协会召开成立大会，公推理事、监事15人。1951年9月3日，恢复重建九三学社重庆分社理事会。1952年9月，九三学社第二次全国工作会议决定各分社理事会改为分社委员会。1953年2月，分社召开社员大会，选举产生九三学社重庆市第二届分社委员会，“重庆分社理事会”改称为“重庆分社委员会”。1984年5月，九三学社重庆分社召开社员代表大会，根据九三学社第四次全国社员代表大会修改的社章规定，经社中央批准，自本次代表大会起，“九三学社重庆分社委员会”改称“九三学社重庆市委员会”（由社四川省委管辖）。1997年重庆直辖以来，九三学社重庆市委员会已历六届。九三学社重庆市委历任主委分别为：税西恒、王际强、许香谷、徐宗俊、谢小军、屈谦。
第六届委员会现有委员58人，其中主委1人、副主委7人、常委22人。下辖北碚、沙坪坝、九龙坡、万州、涪陵、南岸、渝中、黔江、渝北、永川、綦江、大渡口、长寿等13个区委，合川、江北、江津、巴南等4个区工委，基层组织180个；设16个工作机构，包括内部监督委员会，参政议政咨询委员会、思想建设与理论研究中心理事会、九三学社重庆书画院，以及科技、教育文化、医药卫生、经济、农林、资源环境、社会与法治等7个专门委员会，青年、妇女、老年、海外联络、科技创业等5个工作委员会。
截止2025年7月，全市现有社员5848人，平均年龄54.8岁，其中主体界别占73.8%，高级职称占53.8%，女社员占41.6%。社员中，有中国工程院院士1人，何梁何利奖获得者2人，长江学者特聘教授3人、特岗教授1人、青年长江学者2人，国家“千人计划”2人、万人计划8人，中国科协青年人才托举工程1人，国家杰出青年科学基金获得者4人、优秀青年科学基金获得者5人，新世纪百千万人才工程8人，国家有突出贡献中青年专家3人。有全国人大代表和政协委员4人，市人大代表和政协委员73人，区县人大代表和政协委员516人；市政府参事和文史馆员10人、市青联委员9人、市级特约人员和人民监督员11人；厅局级领导干部33人，县处级领导干部297人。近年来，我市社员共获省部级以上荣誉称号、科技奖励514人次。
社市委机关设1室4处，即办公室、组织处、宣传处、社会服务处、参政议政处。机关行政编制19名。