九三学社重庆市委员会的前身是九三学社重庆分社。1946年10月27日，九三学社重庆地方组织——重庆分社在上清寺国民外交协会召开成立大会，公推理事、监事15人。1951年9月3日，恢复重建九三学社重庆分社理事会。1952年9月，九三学社第二次全国工作会议决定各分社理事会改为分社委员会。1953年2月，分社召开社员大会，选举产生九三学社重庆市第二届分社委员会，“重庆分社理事会”改称为“重庆分社委员会”。1984年5月，九三学社重庆分社召开社员代表大会，根据九三学社第四次全国社员代表大会修改的社章规定，经社中央批准，自本次代表大会起，“九三学社重庆分社委员会”改称“九三学社重庆市委员会”（由社四川省委管辖）。1997年重庆直辖以来，九三学社重庆市委员会已历六届。九三学社重庆市委历任主委分别为：税西恒、王际强、许香谷、徐宗俊、谢小军、屈谦，现任主委为：余国东。

第六届委员会有委员55人，其中主委1人、副主委7人、常委21人。下辖北碚、沙坪坝、九龙坡、万州、涪陵、南岸、渝中、黔江、永川、綦江、大渡口、长寿、两江新区等13个区委，合川、江津、巴南等3个区工委，基层组织200个；设16个工作机构，包括内部监督委员会，参政议政咨询委员会、思想建设与理论研究中心理事会、九三学社重庆书画院，以及科技、教育文化、医药卫生、经济、农林、资源环境、社会与法治等7个专门委员会，青年、妇女、老年、海外联络、科技创业等5个工作委员会。

全市现有社员6257人，平均年龄54.7岁，其中主体界别占73.1%，高级职称占60.6%，女社员占42.1%。社员中，有中国工程院院士1人，何梁何利奖获得者2人，长江学者5人、青年长江学者2人，国家基金委杰青5人、优青6人，国家万人计划9人，‌新重庆杰出人才奖1人；有全国人大代表和政协委员4人，市人大代表和政协委员68人，区县人大代表和政协委员516人；市政府参事3人、市青联委员12人、市人民监督员11人、市监察委特约监察员1人；厅局级领导干部35人，县处级领导干部297人。“十四五”期间，我市社员共获省部级以上荣誉称号、科技奖励635人次。

社市委机关设1室4处，即办公室、组织处、宣传处、社会服务处、参政议政处。机关行政编制19名。